Shinji Ikari mengalami koma secara emosional setelah kematian seorang teman baiknya. Karena putranya secara mental tidak mampu mengemudikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV Gendou Ikari berpacu melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana akhir mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordial sehingga dia dapat bertemu kembali dengan Yui, mendiang istrinya.