Ketika ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia didorong hingga batasnya, dengan NERV di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Mari Illustrious Makinami yang misterius.