Kota Academi, Jepang, merupakan barisan terdepan dari sains. Di antaranya, ada seorang anak SMA bernama Kamijou Touma yang memiliki peringkat psikis nol, tapi memiliki kekuatan misterius yang tak diketahui oleh ilmuwan manapun, Imagine Breaker. Kekuatannya bisa digunakan untuk meniadakan kekuatan lain. Suatu hari, dia bertemu dengan Index Librorum Prohibitorum, seorang gadis muda yang telah menghafal seluruh grimoire terlarang dan berada dalam bahaya. Kamijou telah bertekad untuk membela rekan barunya dengan segala cara sembari menemukan sisi aneh dari dunia supranatural.