Academy City berdiri di garis depan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, terkenal karena perkembangan esper mereka: mereka yang mampu menggunakan kemampuan manusia super yang mengubah aturan realitas. Yang paling kuat di antara mereka adalah Level 5, dan yang dikenal sebagai Akselerator berkuasa, bahkan setelah dilemahkan oleh cedera otak yang parah. Di sisinya adalah gadis muda yang dikenal sebagai Last Order, yang terlepas dari sikapnya yang dingin, dia pegang erat dan bersumpah untuk melindungi dengan segala cara.