Berlatar tahun U.C. 0105, dua belas tahun setelah Pemberontakan Char, kelompok "MAFTY" mulai melawan pemerintahan Federasi yang tirani dengan cara melenyapkan para pejabat tingginya. Pemimpin kelompok ini sebenarnya adalah Hathaway Noa—putra dari Bright Noa, sosok yang pernah bertempur bersama Amuro Ray dalam Perang Satu Tahun. Pertemuan dengan seorang gadis bernama Gigi Andalucia, yang memiliki kemampuan luar biasa, membangkitkan kembali trauma masa lalu Hathaway. Meski sempat dibuat bingung oleh kata-katanya, Hathaway bersiap melancarkan serangan udara terhadap Konferensi Adelaide; ia bertekad mewujudkan tujuan MAFTY sekaligus menuntaskan pergulatan batinnya dengan masa lalu. Dihantui trauma masa lalu, Hathaway merasa tertarik pada sosok misterius Gigi Andalucia, yang kemampuan anehnya memicu ingatan-ingatan lama dalam dirinya. Walaupun kata-kata Gigi yang penuh teka-teki sempat memengaruhi pikirannya, ia tetap melanjutkan persiapan misi MAFTY, yakni serangan terhadap Konferensi Adelaide. Di sisi lain, Kenneth Sleg dari Pasukan Federasi tengah menyusun strategi pertahanan untuk konferensi tersebut serta rencana untuk melenyapkan MAFTY, ketika ia didatangi oleh Handley Yoxon dari organisasi kepolisian kriminal yang membawa sebuah usulan rahasia. Sementara Hathaway dan Kenneth mengejar tujuan masing-masing, Gigi pun bertolak ke Hong Kong untuk menjalankan perannya sendiri.