Setelah SMA Putri Uranohoshi ditutup, para siswi kelas tiga—Dia Kurosawa, Kanan Matsuura, dan Mari Ohara—baru saja lulus, meninggalkan Aqours hanya dengan siswa kelas satu dan dua. Sambil mencari tempat baru untuk berlatih bagi para anggota yang tersisa, mereka memutuskan untuk mengunjungi sekolah baru yang akan segera mereka masuki. Namun, mereka terkejut karena gedung itu tampak terbengkalai! Ternyata, karena kekhawatiran dewan sekolah tentang bagaimana siswa Uranohoshi yang baru pindah dapat membebani klub, mereka malah dikirim ke sekolah cabang. Hal ini menempatkan Aqours pada tujuan baru—untuk membuktikan bahwa siswa Uranohoshi juga serius dengan klub mereka. Sementara itu, masalah lain muncul: para siswi kelas tiga tiba-tiba menghilang saat perjalanan wisuda mereka!