Pada suatu hari yang cerah di bulan Juli di tahun ke-41 Era Shinka, Jirou Hitoyoshi ditugaskan untuk diam-diam menyadap pertemuan rahasia antara seorang ilmuwan pemerintah papan atas dan seorang mata-mata industri. Namun, penyamarannya terbongkar, dan mata-mata itu ternyata adalah alien yang menyamar. Di tengah kekacauan yang terjadi, Jirou meminta bantuan pelayan kafe sekaligus gadis ajaib, Kikko Hoshino, salah satu dari sekian banyak "manusia super" yang membaur dengan masyarakat dan diam-diam melindungi umat manusia dari ancaman makhluk luar angkasa. Sebagai anggota badan pemerintah yang dikenal sebagai Laboratorium Penelitian Populasi Super, Jirou memiliki tugas ganda, yaitu melindungi manusia super yang membela umat manusia dan menyingkirkan siapa pun yang dianggap terlalu berbahaya untuk hidup. Setelah membuktikan dirinya sebagai sekutu yang layak, Kikko diundang untuk bergabung dengan badan tersebut sebagai rekrutan terbaru.