Pada musim pertama B: The Beginning, dua pria menghadapi masa lalu mereka sendiri dengan pengorbanan besar. Detektif Maverick Keith Flick berjuang melawan iblisnya dan akhirnya mengungkap rahasia gelap di balik Kerajaan Cremona. Mutan ajaib Koku akhirnya bersatu kembali dengan kenangan paling berharga dari masa kecilnya yang dicuri. Beberapa bulan telah berlalu sejak saat itu, dan seluruh dunia tampaknya telah melupakan kekacauan yang disebabkan oleh peristiwa-peristiwa itu. Saat Keith kembali ke Kepolisian Kerajaan untuk melakukan penyelidikannya sendiri, Koku dan Yuna mencoba menikmati kehidupan biasa dengan damai. Namun konsekuensi dari eksperimen Jaula Blanca masih jauh dari punah, seperti yang segera ditemukan Koku ketika rekan labnya yang seharusnya sudah mati, Kirisame, tiba-tiba muncul.