Alien telah beremigrasi ke Bumi secara diam-diam, tetapi hanya segelintir orang yang mengetahui kebenaran ini. Hidup dalam masyarakat seperti itu, karakter utama Hiroyuki Kudo mulai bekerja di organisasi keamanan swasta E.G.I.S. (Perusahaan Jasa Penjagaan dan Penyidikan). Organisasi tersebut menangani kasus-kasus yang berkaitan dengan alien, dan Hiroyuki bekerja siang dan malam untuk melindungi perdamaian.