Gamu Takayama adalah anggota organisasi bernama Alchemy Stars yang berusia 20 tahun. Setelah monster yang dikenal sebagai C.O.V. menyerang Bumi, Gamu jatuh melalui portal cahaya dan bertemu dengan raksasa: Ultraman Gaia, yang memberinya kekuatannya. Kemudian, ketika Gaia berada dalam masalah di episode tiga, Ultraman lain, Ultraman Agul, muncul. Bisakah mereka menyelamatkan Bumi? Siapa Agul, kawan atau lawan? Nanti di serialnya terlihat bahwa Agul juga merupakan makhluk keadilan, namun hanya melindungi Bumi, bukan kemanusiaan. Konflik antara keduanya kemudian berujung pada duel, membuka lubang cacing yang memungkinkan seekor binatang raksasa mencapai Bumi. Lalu apa yang akan terjadi?