TLT adalah unit rahasia anti-monster internasional yang didirikan secara diam-diam untuk memerangi Space Beasts, monster misterius yang ingin menyerang manusia pada tahun 2009. Salah satu anggota baru TLT, Kazuki Komon, diserang oleh salah satu dari mereka sebelum melapor tugas. Namun, dia diselamatkan oleh raksasa perak yang dia beri nama "Ultraman". Yang tidak diketahui siapa pun adalah bahwa raksasa perak itu adalah seorang Ultraman — tepatnya, Ultraman Nexus, yang siap melawan Makhluk Luar Angkasa untuk menyelamatkan planet Bumi.