Dalam cerita film tersebut, terjadi ledakan mendadak di fasilitas raksasa Edge of Ocean di KTT Tokyo. Bayangan Tooru Amuro, yang bekerja di Biro Keamanan Badan Kepolisian Nasional sebagai Zero, muncul di lokasi. Selain itu, karakter "bermuka tiga" dikenal sebagai Rei Furuya sebagai detektif dan murid Kogorou Mouri, dan ia juga dikenal sebagai Bourbon sebagai anggota Organisasi Hitam. Kogorou ditangkap sebagai tersangka dalam kasus ledakan. Conan melakukan penyelidikan untuk membuktikan Kogorou tidak bersalah, tapi Amuro menghalanginya.