Kapal perang Aegis Destroyer tengah melakukan latihan publik di Teluk Maizuru, di mana, secara kebetulan, sebuah kapal asing yang mencurigakan baru-baru ini terlihat. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki, dan Detective Boys semuanya menerima tiket untuk menghadiri acara ini. Namun, saat operasi militer sedang berlangsung, salah satu awak kapal menemukan lengan kiri seorang letnan yang terputus. Conan kemudian menemukan bahwa mata-mata asing mungkin telah menyusup ke kapal perang untuk mendapatkan informasi rahasia dengan cara apa pun yang diperlukan. Jika informasi itu bocor, garis pertahanan Jepang akan terbongkar, sehingga negara itu tidak terlindungi dari serangan musuh.