Perang Cawan Suci Kelima di Kota Fuyuki telah mencapai titik balik di mana nyawa semua peserta terancam ketika musuh tersembunyi akhirnya menampakkan dirinya. Saat Shirou Emiya, Rin Toosaka, dan Illyasviel von Einzbern menemukan sifat sebenarnya dan merusak dari bayangan yang telah mengamuk di seluruh kota, mereka menyadari betapa mengerikan situasinya. Untuk melindungi orang-orang yang mereka cintai, kelompok tersebut harus bertahan melawan kekuatan musuh yang tampaknya tidak dapat diatasi—bahkan jika beberapa dari musuh tersebut pernah menjadi sekutu mereka, atau mungkin, musuh yang lebih dekat.