Setelah pertempuran sengit dan banyak kekalahan, manusia akhirnya membunuh Godzilla—monster yang menyebabkan umat manusia meninggalkan Bumi 20 ribu tahun sebelumnya. Namun makhluk yang dibunuh pasukan Haruo Sakaki tidak sendirian; ada Godzilla lain di Bumi yang belum dikalahkan. Terluka parah akibat konflik pertama, Sakaki terbangun di rumah seorang gadis muda yang merupakan anggota suku Houtua. Memiliki kemiripan yang mengejutkan dengan manusia, Houtua telah beradaptasi untuk bertahan hidup dari perubahan iklim di planet yang telah lama ditinggalkan.