Melepaskan serangan mendadak yang dahsyat, para ninja terbang dari Negeri Langit berusaha membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Meskipun keinginannya untuk bergabung dalam pertarungan, Naruto Uzumaki ditahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan orang yang terluka. Saat mengantarkan orang yang terluka ke rumah sakit, Naruto bertemu secara tak terduga dengan Amaru—seorang pemuda badai dari desa tetangga yang putus asa mencari bantuan Shinnou.