Suki demo Kirai na Amanojaku menceritakan kisah Hiiragi Yatsuse, seorang siswa sekolah menengah pertama yang berjuang untuk mendapatkan teman meskipun ia berusaha menyenangkan orang lain. Hidupnya berubah secara tak terduga ketika suatu hari di musim panas, dia bertemu Tsumugi, seorang gadis oni (iblis) yang sedang mencari ibunya di dunia manusia. Salju secara misterius mulai turun... dan petualangan mereka pun dimulai.