Jauh di dalam Hutan Okoya, Pokémon Mythical Zarude hidup dalam pasukan dan menerapkan aturan ketat yang melarang orang luar memasuki wilayah mereka. Di tempat lain di hutan hiduplah Koko, seorang anak manusia yang dibesarkan oleh Zarude yang meninggalkan pasukannya. Koko tumbuh tanpa pernah meragukan bahwa dia adalah seorang Zarude. Namun suatu hari, kesempatan bertemu dengan Satoshi dan Pikachu meninggalkan Koko bersama teman manusia pertamanya. Apakah dia benar-benar seorang Pokemon? Atau apakah dia sebenarnya manusia? Ketika bahaya mengancam hutan, ikatan antara Pokémon dan manusia—dan cinta antara orang tua dan anak—akan diuji.