Satu abad yang lalu, kekuatan makhluk perkasa yang dikenal sebagai Hoopa, yang mampu mengalahkan Pokémon legendaris sendirian, ditangkap di dalam botol oleh seorang pengelana sendirian. Botol itu kemudian disembunyikan jauh di dalam gua di gurun pasir, dengan harapan kegelapan yang tersegel di dalamnya tidak akan pernah bersinar lagi.