Di masa yang sudah lama terlupakan, ketika Bumi bertabrakan dengan meteor, Pokémon Legendaris Arceus menggunakan kekuatannya untuk menghindari bahaya. Namun prestasi ini menyebabkan 16 Lempeng yang mengelilinginya tersebar ke seluruh dunia. Tanpa Lempeng yang memberi Arceus energi kehidupan, ia mulai mati. Seorang manusia bernama Damon berhasil menemukan salah satu Piring dan mengembalikannya ke Pokémon yang hampir mati, membantunya pulih. Sebagai hadiah, Arceus menciptakan Permata Kehidupan dan memberikannya kepada penduduk Kota Michina, menetapkan bahwa itu harus dikembalikan, namun manusia menolak, memonopoli Permata itu untuk diri mereka sendiri. Dalam pertempuran berikutnya, Damon terbunuh dan Arceus tertidur, bersumpah untuk menghukum umat manusia saat mereka kembali.