Sebuah ramalan kuno menceritakan suatu hari ketika raksasa es, petir, dan api diganggu. Jika hal ini terjadi, Lugia, penjaga laut, akan bangkit dan memulihkan keharmonisan. Terpesona oleh kata-kata ramalan tersebut, Gelardan, seorang kolektor Pokémon, berangkat ke pesawatnya dengan rencana mengerikan untuk menangkap Lugia dengan mengejar ketiga raksasa ini. Setelah Gelardan mengambil tindakan, perubahan iklim drastis mulai terjadi, dan badai dahsyat mulai bermunculan di seluruh dunia. Salah satu badai tersebut menyebabkan kapal yang membawa pelatih Pokémon Satoshi, Kasumi, dan Kenji keluar jalur dan mendarat di Pulau Shamouti. Setelah tiba, Satoshi diberitahu tentang ramalan kuno, dan takdirnya sebagai orang terpilih yang akan membantu Lugia memulihkan keseimbangan dunia. Dengan nasib dunia di tangannya, Satoshi harus mengumpulkan keberanian untuk menghadapi kekacauan yang mengancam akan menghancurkan segalanya dan menghentikan Gelardan.