Baterai Boukyaku adalah cerita tentang baterai bisbol terkenal yang terdiri dari pelempar jenius Haruka Kiyomine dan penangkap terampil Kei Kaname yang juga dikenal sebagai Jenderal. Selama masa liga senior mereka, mereka cukup berbakat untuk tidak hanya menang, tetapi juga menghancurkan harapan dan impian banyak pemain sekolah menengah pertama yang mereka lawan. Namun, Kaname kehilangan ingatannya dan keduanya masuk ke SMA Kotesashi, sebuah sekolah menengah negeri tanpa nama. Di sekolah yang sama, mereka bertemu dengan beberapa pemain berbakat yang berhenti bermain bisbol setelah bermain melawan mereka di SMP. Ini adalah kisah pertemuan mereka di klub bisbol yang baru didirikan untuk bermain bisbol lagi.