Januari 2118. Kepala Inspektur Departemen Investigasi Kriminal, Akane Tsunemori, menerima laporan tentang insiden di kapal asing – mayat Profesor Milicia Stronskaya telah ditemukan. Di balik insiden tersebut terdapat kelompok yang dikenal sebagai Peacebreakers, sebuah organisasi paramiliter asing dan ancaman luar baru yang menargetkan makalah penelitian profesor yang dikenal sebagai Dokumen Stronskaya. Bertemu kembali dengan Shinya Kogami, mantan buronan dari Departemen Investigasi Kriminal, Akane bergulat dengan kasus yang dengan cepat meningkat melampaui ekspektasi mereka. Stronskaya Papers dapat mengungkap kebenaran yang akan mengguncang pemerintahan Jepang, dan bahkan Sistem Sibyl, hingga ke akar-akarnya. Dalam kisah yang tak terungkap inilah mata rantai yang hilang terungkap.