Madoka Kaname dan Sayaka Miki adalah gadis sekolah menengah biasa dengan kehidupan biasa, tetapi semua itu berubah ketika mereka bertemu Kyuubey, seorang familiar yang seperti kucing, dan Homura Akemi, murid pindahan baru. Kyuubey menawarkan kepada mereka sebuah proposisi: dia akan memberikan satu harapan mereka dan sebagai gantinya, mereka masing-masing akan menjadi gadis penyihir, mendapatkan kekuatan yang cukup untuk memenuhi impian mereka. Namun, Homura Akemi, seorang gadis penyihir sendiri, mendorong mereka untuk tidak menerima tawaran itu, menyatakan bahwa segala sesuatu tidak seperti yang terlihat. Kisah harapan, keputusasaan, dan persahabatan, Mahou Shoujo Madoka ? Magica berurusan dengan kesulitan menjadi seorang magis gadis dan harga yang harus dibayar untuk membuat mimpi menjadi kenyataan.