Siswa kelas tiga Takamachi Nanoha menemukan musang berbicara yang terluka setelah mendengar teriakan minta tolong melalui telepati. Musang itu ternyata adalah Yuuno, seorang arkeolog dan penyihir dari dunia lain yang secara tidak sengaja menyebarkan Benih Permata berbahaya ke seluruh Bumi. Tanpa kekuatan untuk mengumpulkan Benih Permata, Yuuno telah kembali menjadi musang dan membutuhkan orang lain untuk mengambil tugas itu untuknya. Dia memberikan permata merah kepada Nanoha menjelaskan kepadanya bahwa dengan ini dia bisa mengubah dan menggunakan sihir untuk melawan monster yang mengancam mereka karena Benih Permata. Tapi monster bukanlah kekhawatiran mereka, karena Yuuno dan Nanoha bukan satu-satunya yang mengumpulkan Benih Permata.