Setahun telah berlalu sejak Pemberontakan Hitam dan Black Knights yang tersisa telah menghilang ke dalam bayangan, pemimpin mereka dan boneka, Zero dieksekusi oleh Kekaisaran Britannian. Area 11 ini sekali lagi menggeliat di bawah tumit menindas Kaisar sebagai tentara Britannian berkonsentrasi serangan mereka di bagian depan Eropa. Tapi untuk Britannians yang tinggal di Area 11, kehidupan kembali normal. Pada suatu hari normal seperti, seorang mahasiswa Britannian, melewatkan kelas di Akademi Ashford, menyelinap keluar untuk berjudi pada permainan catur. Namun tidak diketahui pemuda ini, pasukan beberapa eying dia dari bayang-bayang, untuk segera, ia akan mengalami perjumpaan mengejutkan dengan masa lalu sendiri dikaburkan, dan Zero pemberontak bertopeng dalang akan kembali.