Shinjiro Hayata, putra Shin Hayata, yang merupakan Ultraman pertama, memiliki kekuatan khusus yang alami. Suatu hari, Shinjiro diserang oleh musuh yang tidak dikenal. Ultraman menyelamatkannya hari itu, dan membuka identitas dirinya kepada Shinjiro bahwa dia adalah Ayahnya. Mengenakan setelan Ultraman yang disediakan oleh Ide, mantan anggota KPKI (Kelompok Pencarian Khusus Ilmiah), Shinjiro melempar sarung tangan dan membantu Ayahnya. Kemudian pertempuran yang sesungguhnya dimulai.