Empat belas tahun setelah Third Impact, Bumi menjadi gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang dikenal Shinji Ikari hampir tidak dapat dikenali. Terjebak di dalam Evangelion Unit-01, ia diselamatkan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan getir, mantan sekutunya memandangnya dengan curiga dan menolak untuk mendukungnya saat ia berdamai dengan konsekuensi tindakannya.