Saat musim berganti dari musim semi ke musim panas, Makoto Yuuki tetap bersama Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). Tim tersebut terus mengalahkan Shadows besar dan kecil, tetapi mereka kini berhadapan dengan musuh baru: Strega, sekelompok pengguna Persona nakal yang ingin menjaga Dark Hour agar tetap menguntungkan mereka—tampaknya Strega mungkin menyimpan petunjuk tentang sifat asli Dark Hour.