Pada tengah malam, Dark Hour muncul—jam rahasia yang tidak diketahui kebanyakan orang. Mereka yang tidak terperangkap dalam peti mati selama waktu ini, cukup malang untuk menemukan diri mereka sadar, bertemu dengan makhluk berbahaya yang dikenal sebagai Shadows. Namun, beberapa orang terpilih memiliki potensi untuk menggunakan Persona: kekuatan khusus yang digunakan untuk mengalahkan makhluk-makhluk ini. Kelompok rahasia ini disebut SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), dan misi mereka adalah untuk mengungkap alasan di balik kemunculan Dark Hour.