Setahun bisa mengubah hidup seseorang selamanya. 365 hari yang dihabiskan Kelas 3-E SMP Kunugigaoka bersama guru eksentrik mereka, Koro-sensei, memang benar. Membawa kenangan tahun itu dekat di hati mereka, alumni Nagisa Shiota dan Karma Akabane kembali ke ruang kelas mereka sebelumnya untuk mengenang peristiwa-peristiwa penting dalam hidup mereka.