Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah ke sekolah menengah pertama, tetapi pada saat itu mereka kehilangan kontak dengan mitra Digimon mereka. Oleh karena itu, Taichi terkejut karena tiba-tiba menerima panggilan darurat yang memanggilnya ke Dunia Digital. Sesampai di sana, dia mengetahui bahwa Digimon hidup dalam ketakutan akan Kaisar Digimon yang misterius, yang entah bagaimana menekan kemampuan mereka untuk Digivolve!
