Di gurun terpencil di Planet Zi, seorang anak laki-laki bernama Van menemukan fasilitas yang terbengkalai dan bobrok. Di dalamnya, ia menemukan kepompong buram yang pecah dengan sendirinya, dan robot mirip dinosaurus yang dikenal sebagai "Organoid" muncul dari cangkangnya. Van menamai makhluk itu Zeke dan mengklaimnya untuk dirinya sendiri, tetapi sekelompok bandit mengejarnya untuk merebut Organoid tersebut. Para bandit dilengkapi dengan "Zoid", unit mekanis mirip binatang yang digunakan untuk pertempuran. Van mampu menangkis para pengejarnya dengan menghidupkan kembali dan menyatu dengan Zoid tua yang dijuluki "Shield Liger".