Jika survei dilakukan untuk mengetahui apakah orang-orang percaya pada alien, penjelajah waktu, atau mungkin esper, kebanyakan akan mengatakan tidak; siswa SMA biasa Kyon menganggap dirinya sebagai orang yang tidak percaya. Namun, pada hari pertamanya di sekolah, ia bertemu dengan seorang gadis yang segera mengubah dunianya.