Kisah Let's Go Kaiki-gumi mengikuti seorang protagonis tanpa nama yang enam kali lebih rentan terhadap fenomena spiritual daripada manusia biasa. Suatu hari, protagonis bertemu dengan Mechako, seorang gadis misterius yang menjalankan Kaiki-gumi, sebuah organisasi yang mengawasi perilaku hantu dan monster yang mengancam umat manusia, dan entah bagaimana ia terlibat dalam membantu Kaiki-gumi untuk membangun kembali dirinya, yang mengakibatkan berbagai peristiwa aneh dan kejadian menyeramkan.