Dr. Stone Season 4 melanjutkan misi Senku dan timnya untuk membangun peradaban dengan ilmu sains. Setelah sukses di Treasure Island, mereka menuju Amerika untuk mencari jagung sebagai bahan bakar alkohol. Namun, perjalanan ini terganggu oleh konflik dengan Dr. Xeno dan Stanley. Tujuan akhirnya adalah ekspedisi ke bulan untuk mengungkap misteri Why-Man dan fenomena pembatuan.