Dalam waktu dekat, kenaikan air laut secara tiba-tiba dan tidak dapat dijelaskan telah menyebabkan sebagian besar peradaban manusia berada di bawah air. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan kekecewaan dari kehidupan yang keras di kota besar dan menemukan rumah lamanya di pedesaan setengah ditelan oleh laut. Ditinggal tanpa keluarga, yang ia miliki hanyalah kapal dan kapal selam yang ditinggalkan oleh nenek ahli kelautannya, dan hutang-hutangnya.