Tahun 2006, dan aula Sekolah Menengah Jujutsu Prefektur Tokyo bergema dengan pertengkaran tak berujung dan perdebatan sengit antara dua sahabat karib yang tak terpisahkan. Memancarkan kepercayaan diri yang tak tergoyahkan, Satoru Gojou dan Suguru Getou percaya tidak ada tantangan yang terlalu besar bagi penyihir Kelas Khusus yang muda dan kuat seperti mereka. Mereka ditugaskan untuk mengantarkan seorang gadis waras bernama Riko Amanai dengan selamat ke entitas yang keberadaannya merupakan inti dari dunia jujutsu. Namun, misi tersebut menjerumuskan mereka ke dalam pusaran konflik moral yang melelahkan yang mengancam untuk menghancurkan persahabatan yang sudah lemah antara penyihir dan manusia biasa.