Letnan Dua Kei Agemaki, putra seorang jenderal terkenal, telah menyembunyikan ketakutannya yang luar biasa terhadap makhluk paranormal sepanjang hidupnya. Namun, ketika dia dan dua orang lainnya ditugaskan kembali untuk tinggal dan bekerja dengan youkai di Kementerian Urusan Roh, dia dihadapkan pada mimpi buruk terburuknya. Sekarang dengan bantuan roh rubah Kushimatsu, dia dan rekan-rekan perwiranya harus belajar bekerja bersama gadis youkai Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki, dan Bonbori untuk memecahkan kasus-kasus paranormal. Bertempat di tengah-tengah versi alternatif Westernisasi Jepang , Otome Youkai Zakuro mengeksplorasi bentrokan dan persatuan yang dapat terjadi ketika timur bertemu barat, penduduk lokal bertemu asing, dan perempuan bertemu laki-laki. Aliansi yang tidak biasa antara gadis youkai dan perwira manusia harus belajar bekerja sama di dunia yang berubah di sekitar mereka.