Season 6 My Hero Academia merangkum perang total berskala besar antara Pro Heroes melawan Front Pembebasan Paranormal yang dipimpin Tomura Shigaraki. Bagian pertama berfokus pada pertempuran dahsyat di dua garis depan yang berakhir dengan hancurnya kota-kota dan runtuhnya kepercayaan masyarakat terhadap pahlawan setelah rahasia kelam keluarga Endeavor terbongkar oleh Dabi. Sementara itu, bagian kedua menyoroti dampak psikologis perang tersebut, di mana Deku memilih meninggalkan sekolah U.A. untuk bertarung sendirian sebagai "Dark Deku" demi melindungi teman-temannya, hingga akhirnya Kelas 1-A bergerak bersama untuk menyelamatkan dan membawanya pulang.