Pada 30 tahun yang lalu terjadi sebuah fenomena aneh bernama “Spacequake” yang menghancurkan pusat Eurasia. Dari Peristiwa itu tercatat 150 juta orang menjadi korban dan sampai sekarang, masih terjadi Spacequake itu namun dalam skala yang lebih kecil dari pada yang awal secara random diberbagai tempat di dunia. Itsuka Shidou, seorang anak SMA biasa pada saat terjadi Spacequake bertemu dengan seorang gadis misterius yang tidak memiliki nama yang berpakain gaun dengan armor dan memegang pedang ditangannya.