Non Non Biyori Repeat melanjutkan kisah kehidupan pedesaan yang damai dan santai dari sekelompok anak sekolah di desa fiksi Asahigaoka. Alih-alih melanjutkan alur cerita secara kronologis setelah musim pertama, musim kedua ini menyajikan kembali episode-episode yang diadaptasi dari babak-babak manga sebelumnya yang belum terliput di musim pertama, sehingga ceritanya berjalan paralel dengan musim pertama.