Anime ini berlatar belakang di sebuah kota fiksi di Jepang yang bernama kota Sugomori. Kota Sugomori ini dibangun di atas tanah reklamasi, tetapi semakin tahun, penduduk kotanya menurun. Suatu hari, Sonozaki Noriko mengatakan pada teman sekelasnya Katsuhira Agata, Kau telah terpilih untuk menjadi seorang Kiznaiver. Dengan Sistem Kizuna, memungkinkan Katsuhira berbagi luka dengan teman sekelasnya yang memiliki kehidupan dan kepribadian benar-benar berbeda dari nya. Sistem Kizuna adalah sitem yang digunakan untuk membuat perdamaian dunia dengan menghubungkan orang melalui luka. Semua orang yang terhubung ke sistem ini disebut Kiznaiver. Ketika salah satu Kiznaiver terluka, sistem ini akan mengirimkan lukanya dengan Kiznaiver lainnya.