Misaki Takahashi adalah seorang siswa SMA biasa yang sedang mempersiapkan ujian masuk universitasnya. Untuk mengurangi tekanan belajar, maka ia berharap bisa menerima bantuan teman terbaik kakaknya, dan penulis terkenal, Akihiko Usami. Namun, Masaki akan segera mengetahui bahwa buku-buku Usami memiliki genre yang sangat nakal, dan mungkin ada juga sesuatu yang nakal di dalam Masaki. Junjou Romantica juga mengikuti kisah dua pasangan lain yang secara longgar terhubung dengan Masaki dan Usami's Romantica Egoist menunjukkan hubungan yang sangat bergairah, namun seringkali rumit antara profesor universitas Hiroki Kamijou (yang hidupnya hampir mencapai titik terendah) dan dokter anak Nowaki Kusama, yang jatuh cinta pada Hiroki pada pandangan pertama dan akan melakukan apapun untuk membuatnya bahagia. Cerita ketiga, Teroris, menunjukkan betapa cinta obsesifnya saat kaya berusia 14 tahun Shinobu Takatsuki akhirnya menemukan sesuatu yang tidak dapat dia miliki dengan mudah-profesor sastra