Di saat sekolah lain di Jepang bersaing memperebutkan gelar tim sepak bola terbaik di negaranya, klub sepak bola Sekolah Menengah Raimon, Inazuma Eleven, berjuang untuk bangkit dari ambang pembubaran. Cucu dari kiper generasi pertama Inazuma Eleven dan kapten tim, Mamoru Endou, mengambil tantangan untuk mengembalikan klub yang telah lama terbengkalai itu ke bentuk semula. Untuk melakukan hal ini, dia memerlukan sedikit bantuan dan lebih dari sedikit keberuntungan.