Shinichi Kudou, seorang siswa SMA dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, ia secara tidak sengaja menjadi saksi mata dari aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga para pria itu memberinya obat percobaan yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya hingga tewas. Namun, yang mengejutkannya sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari berikutnya, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.