Delapan tahun setelah kematian misterius ayahnya, Kaito Kuroba, seorang remaja yang sedikit nakal namun biasa-biasa saja, menemukan rahasia yang mengejutkan: Pencuri Hantu Kaito Kid—juga dikenal sebagai "Penyihir di Bawah Cahaya Bulan"—tidak lain adalah ayahnya sendiri . Mantan pencuri itu dibunuh oleh organisasi kriminal yang mencari batu mitos bernama Permata Pandora, yang konon akan meneteskan air mata seiring dengan berlalunya Komet Lembah yang datang setiap sepuluh ribu tahun. Saat air mata dikonsumsi, permata tersebut konon memberikan keabadian.