Sebagai kelanjutan langsung dari musim pertama, Zero kembali setelah kepergiannya dari akademi. Meskipun lega, Yuuki, yang masa lalu masih diselimuti misteri, bertanya apa yang sebenarnya terjadi pada nol selama perpisahan. Sebagai Nol terus memiliki visi aneh yang muncul sejak hari ia minum darah Kaname, ia mengunjungi Maria sekarang terbangun Kurenai dalam upaya untuk menemukan jawaban. Dia hanya memberikan dia dengan jawaban yang samar yang menunjukkan siapa musuh sejati benar-benar mungkin. Sementara itu, vampir dari Vampire Dewan Agung tiba di akademi untuk menghukum Nol mati karena dosanya membunuh darah murni sebuah. Namun, Kaname campur dengan keputusan dewan dengan tidak hanya niat menyelamatkan Nol tetapi dengan tujuan lain tanpa diketahui semua orang di sekitarnya.