Dua tahun telah berlalu sejak CCG menyergap Anteiku. Meski atmosfer di Tokyo telah berubah drastis karena peningkatan pengaruh CCG, ghoul masih menjadi ancaman yang harus ditanggulangi, terutama organisasi teroris yang dinamakan Aogiri, organisasi yang menganggap CCG sebagai ancaman besar. CCG membentuk sebuah tim yang terdiri dari manusia berkemampuan ghoul yang bernama Quinx untuk memberantas para makhluk berbahaya itu. Pemimpin tim tersebut, Sasaki Haise, adalah seorang manusia setengah ghoul yang berada di bawah pelatihan penyidik kelas spesial, Arima Kishou. Sasaki selalu disibukkan dengan berbagai kasus ghoul dan posisinya sebagai pemimpin serta pembimbing anggota Quinx. Namun kenangan tak dikenal mulai berbisik perlahan-lahan mengenai dirinya di masa lalu.