Di sebelah selatan Jepang , ada sebuah pulau yang hijau subur yang disebut Southern Cross Isle . Suatu malam , seorang anak laki-laki dengan nama Takuto Tsunashi terdampar dipula itu. Dengan kepribadian yang ceria dan baik hati , ia mulai bergaul dengan berbagai siswa di sekolah dan membangun hubungan dengan banyak dari mereka , termasuk Wako Agemaki dan Sugata Shindou . Tapi sekolah ini menyembunyikan rahasia yang mendalam. Ada raksasa tidur tersembunyi di bawah tanah yang disebut Cybodies
